- Dopo la maturità Gänswein studiò teologia a Friburgo in Brisgovia e Roma e fu ordinato presbitero per l'arcidiocesi di Friburgo in Brisgovia nel 1984. Dopo aver svolto per due anni le funzioni di cappellano nella propria diocesi, Gänswein studiò diritto canonico a Monaco di Baviera dove ottenne il dottorato nel 1993. Nel 1994 fu nominato, dall'arcivescovo di Friburgo Oskar Saier, Vicario del Duomo e suo segretario personale.
Già nel 1995 fu nominato dall'allora prefetto della Congregazione del Culto Divino e della Disciplina dei Sacramenti Antonio María Javierre Ortas, collaboratore della congregazione stessa. Nel 1996 venne trasferito alla Congregazione della Dottrina della Fede su esplicita richiesta dell'allora prefetto della medesima cardinale Joseph Ratzinger. Gänswein ottene anche una cattedra di diritto canonico presso la Pontificia Università della Santa Croce a Roma appartenente all'Opus Dei.
Nel 2000 papa Giovanni Paolo II gli concedette il titolo onorifico di cappellano di Sua Santità (Monsignore).
Dal 2003 Gänswein è assistente personale del cardinale Joseph Ratzinger, carica nella quale è stato riconfermato dopo l'elezione di Ratzinger al soglio di Pietro il 19 aprile 2005. Nel marzo 2006 Papa Benedetto XVI lo onora con l'ulteriore titolo di Prelato.